薬学の大学院は、教育制度の改定に伴う移行期にあり、修士課程は新制度による薬科学専攻（新設）、博士後期課程は旧制度の薬学専攻で学生を募集します。修士課程の募集を行う新設の薬科学専攻は、基礎、応用および臨床薬科学分野の研究と教育を行うことで、薬学に関係するさまざまな分野で高度な専門性を発揮できる人材の育成を目指します。また薬科学専攻では、中高教諭専修免許状（理科）を取得できる課程や、在職のまま、薬科学の高度な知識を学び、修士（薬科学）の学位取得を目指す社会人のための特別選抜制度と長期履修学生制度も設けています。
「薬品分析学」「薬品物理化学」「薬化学」「生化学」「生薬学」「衛生化学」
「薬理学」「薬剤学」「臨床薬学」「臨床製剤学」「病態生理学」
薬学研究科薬科学専攻は、新しい薬学教育制度によって誕生した健康生命薬科学科（4年制）を基礎にした新しい大学院であり、2010年4月に修士課程が開設されました。薬科学専攻の教育研究目標は、薬に関係する基礎と応用に関わる様々な領域で活躍できる、科学的なものの見方と基礎的な研究力を身につけた人材を育成することです。薬科学専攻では、生命科学と化学を基盤にして、薬や化学物質と生命の関わりを多面的に学び、基礎から応用に至る様々な課題をとりあげた薬科学の研究を行います。このような教育・研究目標を掲げる薬科学専攻は、4年制薬学の卒業者と共に、薬学以外の理系学部・学科の出身者をも広く受け入れています。
薬科学専攻（修士課程）は、中高教諭専修免許状（理科）を取得する課程の認可を受けています。薬科学専攻で所定の科目を修得すれば、高度な理科教育実践力を有する中学・高校の理科教員としての専修免許状が得られます。詳しくは教員免許状の項をご覧ください。
薬科学専攻は昼夜開講制を採用すると共に、社会人特別選抜制度と長期履修学生制度を設けて、社会人の方々に在職のまま勉学して修士（薬科学）の学位取得する道を開いています。詳しく社会人特別選抜、長期履修学生制度をご覧ください。
薬科学専攻では、下記の8分野についての教育と研究を行い、薬学部にある20の講座・研究室は、これら8分野の一つまたは複数に関わる研究と教育を担当します。
個々の講座・研究室が行っている2010年度の研究内容については、こちらをご覧ください。
1．基礎薬科学（有機化学・薬用資源学）
2．基礎薬科学（物理・分析化学）
3．基礎薬科学（生命科学）
4．基礎薬科学（衛生・環境学）
5．基礎薬科学（薬理学）
6．基礎薬科学（薬剤学）
7．応用薬科学
8．臨床薬科学
2010年度に設置された薬科学専攻修士課程の修了者はまだ出ていませんので、旧制度による修士課程（薬学専攻および医療薬学専攻）の代表的な修士学位論文題目を掲載しています。
−一般大学院（薬学専攻・医療薬学専攻）−
- ◇動物モデルにおけるResveratrolのメタボリックシンドローム改善効果
- ◇Mn2＋刺激マスト細胞とフィブロネクチンの接着反応に関与するインテグリンの解析
- ◇ヒト多発性骨髄細胞株IM−９に対するZoledronateの抗腫瘍効果
- ◇ハナビラタケ抽出エキスのメラニン産生抑制作用およびそのメカニズムの解析
−社会人大学院（医療薬学専攻）−
- ◇ワルファリンの抗凝固作用に対するベプリジル併用の影響
- ◇抗がん剤側管投与時における曝露防止目的の生理食塩水充填輸液セット内の抗がん剤汚染について
- ◇フォリアミン錠粉砕・フォリアミン10％散試料を用いた散剤調製時の含量均一性評価
- ◇多発性骨髄腫患者を対象としたBortezomib療法の副作用解析
